Unter die Außenprüfungen fallen die Betriebsprüfung, die Umsatzsteuer-Sonderprüfung und die Lohnsteuer-Außenprüfung. Daneben existiert noch die Steuerfahndung, die überwiegend zur Feststellung steuerstrafrechtlich relevanter Sachverhalte tätig wird. Die Betriebsprüfung wird gesetzlich nur tätig bei land- und forstwirtschaftlichen sowie gewerblichen Betrieben und bei freiberuflich Tätigen.

Damit eine zweckmäßige Auswahl der zu prüfenden Betriebe erfolgen kann, werden diese je nach Größe in bestimmte Klassen eingeteilt (Großbetriebe, Mittelbetriebe, Kleinbetriebe und Kleinstbetriebe). Je nach Einteilung wird auf der Verwaltungsseite häufig eine andere Dienststelle mit der Prüfung betraut: für Großbetriebe die Groß- und Konzernbetriebsprüfung, für Mittel- und Kleinbetriebe die Amtsbetriebsprüfungsstellen des Finanzamtes. Kleinstbetriebe werden häufiger direkt vom zuständigen Finanzamtssachbearbeiter geprüft.

Die Betriebsprüfung beginnt mit den ersten Prüfungshandlungen. Die Anordnung, die dem zu prüfenden Betrieb mitzuteilen ist, enthält den Beginn, den zu prüfende Zeitraum und auch den Namen des Prüfers/der Prüferin. In der heutigen Zeit der elektronischen Buchführung wird mit der Prüfungsanordnung auch häufig ein Datenträger angefordert, den der/die Prüfer/in vorab auswertet. Dazu bedient sich der Prüfer in der Regel einer Analysesoftware. Diese Praxis wird auch von den Finanzgerichten als zulässig angesehen.

Die Prüfung im Betrieb endet i. d. R. mit einer Schlussbesprechung, in der die Feststellungen des Prüfers/der Prüferin mit dem Steuerpflichtigen und seinem Berater erörtert werden. Daran anschließend wird der Prüfungsbericht erstellt und übersandt. Einwendungen gegen den Bericht sind zwar möglich, aber nicht rechtlich wirksam. Dies ist nur mit einem Einspruch gegen die nach der Prüfung erteilten geänderten Steuerbescheide möglich.

Die Umsatzsteuer-Sonderprüfung und die Lohnsteuer-Außenprüfung befassen sich mit abgegrenzten Prüfungsbereichen durch spezielle Fachkräfte der Finanzverwaltung. Daneben setzt die Finanzverwaltung noch Prüfer mit speziellen Fachkenntnissen, z. B. für Auslandsbeziehungen, Bewertung von Pensionsrückstellungen, aber auch Bundesbetriebsprüfer des Bundeszentralamtes für Steuern ein. Im Rahmen einer Betriebsprüfung – aber auch ohne diesen Anlass – holt das Finanzamt Auskünfte bei vielen Behörden im Inland zu Sachverhalten mit steuerlichen Auswirkungen ein, gibt aber andererseits auch gewonnene Erkenntnisse durch Kontrollmitteilungen an andere Finanzbehörden weiter. Dies gilt auch für ausländische Steuerbehörden im Rahmen der zwischenstaatlichen Amtshilfe.